José Fernando tiene una exitosa carrera internacional como flautista e instructor. Ha viajado por los Estados Unidos, Colombia, Alemania y los Países Bajos interpretando diferentes estilos de música para flauta. Antes de salir de Colombia, participó varias veces con la Academia Filarmónica (Medellín, Colombia), tanto como miembro de la orquesta como solista. También fue flautista principal de la Orquesta Juvenil de Antioquia y la banda de la Universidad EAFIT. En Berlín, Alemania, enseñó a los flautistas en la banda de conciertos Rhythm & Melody, donde solía ser el intérprete principal y solista.
Terminó su pregrado en flauta en la Universidad EAFIT bajo la instrucción del profesor León Giraldo en 2012. En 2013, viajó a Europa para obtener su certificado como instructor de flauta en los Países Bajos con Anke van der Bijl mientras continuaba sus estudios en Berlín con la flautista Kornelia Heth. Bajo la instrucción de la profesora Nina Assimakopoulos, completó su maestría en 2017 en los Estados Unidos en la Universidad de West Virginia. Recibió consecutivamente premios a la excelencia académica en la Escuela de Música de West Virginia University, y en 2016 y 2017 ganó la Beca Canady. Fue en su práctica académica fue profesor de los flautistas de pregrado de la Universidad de West Virginia mientras trabajaba en el “Community Music” de la misma universidad. A lo largo de su carrera tuvo clases magistrales con excelentes flautistas como Luis Julio Toro, Tadeu Cohelo, Gabriel Ahumada, Pedro Sagredo, Peter-Lukas Graf, Alberto Almarza, Conor Nelson, Linsey J. Goodman y Leslie Newman. En la misma Universidad de Estados Unidos realizó una segunda maestría en “World of Languages, Linguistics and Literature”. En el 2019, junto al departamento de Lingüística publicó su tesis sobre la relación entre las vocales y el sonido de la flauta, llamada: “Acoustics of Vowel Articulation in Flute Playing”.
Recientemente ha estado trabajando con sus grupos de música de cámara, Alwa (flauta y piano), Dúo Espiral (dúo de flautas) y La Nueva Estudiantina (grupo de música Andina Colombiana). Junto a la editorial de la Universidad EAFIT, La Nueva Estudiantina publicará un libro bajo la dirección de José Fernando Ramírez con una selección de obras patrimoniales que caracterizan la esencia Andina Colombiana.